Почему мой счетчик учитывает не все посещения сайта?

Так уж устроены интернет-технологии, протокол HTTP и системы статистики, что ни один счетчик никогда не считает 100% трафика сайта. Это общеизвестный факт, см. например у Яндекса: http://direct.yandex.ru/help/?id=990436#990484

Именно поэтому если на сайте установлено несколько счетчиков, их показатели между собой никогда не совпадают: какой-то показывает больше посещений, какой-то — меньше. Нормальным уровнем учитываемости посещений счетчиком считается 80-90%. Если ваши счетчики засчитывают меньшую долю посещений из нашего сервиса, воспользовуйтесь советами на этой странице.

• Проверьте доступность и время загрузки вашего сайта. Иногда слишком "тяжелые" скрипты или плохой хостинг могут делать ваш сайт недоступным на некоторое время, или увеличивать время загрузки страниц в несколько раз. Посмотрите статистику посещаемости — нет ли неадекватных "просадок" графика посещений в определенные часы? Не поступает ли жалоб посетителей на тему неработоспособности сайта?
• Разместите код счетчиков как можно ближе к началу HTML кода вашего сайта, если он имеет большой объем.
• Постарайтесь настраивать нормальную и естественную картину посещаемости вашего сайта, особенно это касается распределения визитов по часам. Если в первые несколько часов суток ваш сайт получает несколько тысяч хостов, а в самое активное время днем — лишь по несколько хостов в час, то искусственность этой картины посещаемости будет всем очевидна. Некоторые счетчики, такие как Liveinternet, просто не учитывают в своих показателях бОльшую часть посещений при таком неестественном распределении, намеренно уменьшая цифры ваших показателей посещаемости.
• Установите несколько счетчиков на сайт, чтобы была возможность сравнить их показатели.
• Проверьте правильность установки кодов счетчиков, не были ли в коде случайно удалены какие-либо символы, не попал ли код в "невидимую" или недоступную часть вашего сайта?

Если ваш сайт имеет кириллический домен (например мойсайт.рф), то Google Analytics не будет корректно учитывать его посещаемость до внесения изменений в код счетчика (т.к. не умеет правильно работать с такими доменами). Вам нужно добавить строку

_gaq.push(['_setDomainName', 'xn----8sbzclmxk.xn--p1ai']);
(где xn----8sbzclmxk.xn--p1ai - домен вашего сайта в Punycode)
перед строкой
_gaq.push(['_trackPageview']);

в коде Google Analytics. Таким образом, получившийся участок кода должен выглядеть так:

_gaq.push(['_setAccount', 'UA-1234567-1']);
_gaq.push(['_setDomainName', 'xn----8sbzclmxk.xn--p1ai']);
_gaq.push(['_trackPageview']);

Замените в этом коде UA-1234567-1 на ваш идентификатор статистики GA (эта строка будет в исходном коде вашего счетчика, не меняйте ее) и не забудьте заменить xn----8sbzclmxk.xn--p1ai на ваш домен в формате Punycode.